პრინცესა ატამი ისევ გაიტაცეს, ბოუსერი ვერ წყნარდება და დროა პენსიაზე წასულიყო, მაგრამ მაინც იქ, აჩუქე მას სილამაზე. Mario სჭირდება მოხვდა გზა, და ის ასევე არ არის პირველი freshness. პირველად სანტექნიკოსმა ეჭვი შეიტანა მის შესაძლებლობებში და გადაწყვიტა, დაეპატიჟებინა სონიკი დასახმარებლად, რადგან იცოდა, როგორ შეუძლია სწრაფად სირბილი და მაღლა ხტუნვა. ამასობაში, სანამ სონიკი ჩამოვა, თქვენ შეგიძლიათ აკონტროლოთ მარიო და დაეხმაროთ მას მონეტების შეგროვებაში და ბოუსერის მხლებლებზე გადახტომაში. შემდეგ შეგიძლიათ გადახვიდეთ Sonic-ზე, მაგრამ მას მოუწევს ბეჭდების შეგროვება, მაგრამ ორივე გმირს ერთი და იგივე მიზანი აქვს - გადაარჩინოს პრინცესა Super Mario-სა და Sonic-ში.
