აქამდე მარიოს უწევდა გამკლავება მხოლოდ ბოროტი სოკოსთან, ლოკოკინებთან და მისი მარადიული მტრის ბოუზერის სხვა მინიონებთან. მაგრამ ეს მხოლოდ ყვავილებია იმასთან შედარებით, რაც მას ელოდება Super Mario Commander- ში. მზაკვრული შეტევა კოსმოსიდან მოულოდნელად განხორციელდა მარიოს სამყაროზე. კბილებამდე შეიარაღებულმა საშინელმა და მანკიერმა ქმნილებებმა ნგრევა მოახდინა ოდესღაც მშვიდობიან სამეფოში. მარიოს მოუწევს აიღოს სერიოზული იარაღი და შეასრულოს სუპერ გმირის როლი. და იმისათვის, რომ მან წარმატებას მიაღწიოს, დაეხმარეთ სანტექნიკოსს დაეუფლოს თავისთვის ახალ როლს. აუცილებელია კოსმოსური მეკობრეების პლატფორმების გაწმენდა და მსოფლიო კვლავ დედამიწაზე დააბრუნოს სუპერ მარიო მეთაურში.
