კაცი ობობის სუპერ ძალაუფლების მქონე ბიჭი წავიდა საგარეო დაზვერვაში სამსახურში და გახდა სპეციალური აგენტი, როგორიცაა ჯეიმს ბონდი. მაგრამ მას არ სჭირდება იარაღი, ის უმკლავდება თავის მტრებს. ის, რაც ათავისუფლებს ქსელს მშვილდიდან და ახვევს მას მტერს, მთლიანად ააქტიურებს მას. Mutant Assassin 3D-ში თქვენ დაეხმარებით გმირს მისიების შესრულებაში არასასურველი მტრის აგენტების აღმოფხვრით. განადგურების მექანიზმი მარტივია: თქვენ უმიზნებთ მწვანე წრეს მომდევნო წითელ ბოროტმოქმედზე და ათავისუფლებთ ქსელს. სხეულს ეხვევა და მტერი ამარცხებს. ანალოგიურად, თქვენ უნდა შეაგროვოთ ფულის გროვა, ისინი უნდა შეგროვდეს, რათა დაასრულოთ დონე Mutant Assassin 3D-ში.