ნინძები გამოჩნდნენ შუა საუკუნეების იაპონიაში და მსახურობდნენ როგორც ჯაშუშები, სკაუტები და მზვერავი დივერსანტები. მუქი ფერის ტანსაცმელი ეცვათ, სახეზე იფარავდნენ და ძირითადად ღამით მოქმედებდნენ, ჩუმად მოძრაობდნენ და დაკისრებულ დავალებებს ასრულებდნენ. ყველა ნინძა დაეუფლა ნინჯუცუს ხელოვნებას. არსებითად, ნინძები არის მეომრის ტიპი, რომელიც გამოიყენება სპეციალურ ოპერაციებში, ისევე როგორც იაპონური სპეცრაზმი. თამაშის გმირს Ninja Speed Runner ასევე ენდობა საიდუმლო მისიას, ამიტომ ის სწრაფად მოძრაობს. შურიკენები დაფრინავენ მისკენ, საიდანაც მან უნდა აარიდოს თავი და თქვენ დაეხმარებით მას ამაში, აიძულეთ გმირი გადახტეს ან იხვი Ninja Speed Runner-ში.
