ძველ იაპონიაში იყო სპეციალური ტაძრები, რომლებშიც ისინი ამზადებდნენ ისეთ ომებს, როგორიცაა ninja. თქვენ თამაშში Ninja Runs 3D გადადით ერთ მათგანზე და დაეხმარეთ ერთი ninja გავლა სხვადასხვა სახის ტრენინგი. დღეს თქვენს გმირს მოუწევს სპეციალურად აშენებული დაბრკოლების კურსის გავლა სხვა ნიჟარებთან ერთად და პირველი ფენის ხაზამდე მისვლა. თქვენ მართებთ მის ქმედებებს. თქვენ უნდა ხტომა ბევრი წინააღმდეგობა, ასვლა სხვადასხვა დაბრკოლებები და შეასრულოს მრავალი სხვა ქმედებები, რაც დაგეხმარებათ თქვენი ninja გაიმარჯვებს კონკურსში.