ნინძამ გადაწყვიტა ფეხები გაეჭიმა და მონეტების შეგროვებით ქალაქში გარბოდა. თამაშში Ninja Runner თქვენ შეხვდებით გმირს და დაეხმარებით მას ქალაქის პარკურის მოწყობაში. გმირისთვის გადაულახავი სიმაღლეები არ არის, შეგიძლიათ ბიჭზე რამდენჯერმე დააჭიროთ და ის გადახტება ნებისმიერ მწვერვალზე: პლატფორმაზე, კოშკზე და სხვა მწვერვალზე. დონის გავლის შემდეგ, შეგიძლიათ გადახვიდეთ სხვაზე, მაგრამ ფრთხილად იყავით, ახალ დონეზე იქნება დამატებითი დაბრკოლებები მკვეთრი მწვერვალების სახით, რომლებზეც არ გჭირდებათ გადახტომა, რათა არ დაკარგოთ სიცოცხლის გული. უფრო და უფრო მეტი მკვეთრი დაბრკოლებები არსებობს, რაც ნიშნავს, რომ თქვენ მოგიწევთ იყოთ ძალიან სწრაფი და მოქნილი, რომ გადაარჩინოთ ნინძას სიცოცხლის დაკარგვისგან Ninja Runner-ში.