უძველესი იაპონიაში, იყო მებრძოლების ორი სამშობლოს - სამურაისა და ნიჟას შორის მუდმივი ომი. თქვენ თამაშში Ninja Runner ვიბრძოლებთ მხარეს ორდენი Ninjas. შენი ხასიათი მიიღო ბრძანება ხელმძღვანელის ბრძანებით ჩაატაროს სატყუარას ერთ ტყეში, სადაც samurai რაზმები შეიძლება დამალვა. შენი გმირი გაბედულად ჩავარდა ტყეში და გაიქცა გზაზე. ბევრი საფრთხე და ხაფანგი ელოდება მას გზაზე. თქვენ კონტროლი თქვენი ხასიათი მოუწევს მას ხტომა და არ მოხვდება ამ ხაფანგები. თუ მტრის ჯარისკაცებს მოხვალთ, შენ გაანადგურებ ყველას მახვილის დახმარებით. უბრალოდ შეაგროვოს სხვადასხვა ნივთები, რომ მოხვდება მისი გზა.