თამაშის Sonic Advance 3-ის მესამე ნაწილში თქვენ გააგრძელებთ მამაც სონიკს და მის მეგობრებს შეშლილ დოქტორ ბოროტთან ბრძოლაში. შეშლილს უნდა ააშენოს მთელი ქალაქი, რომელშიც მონსტრები გაიზრდება. ამისათვის მას დასჭირდება ქაოსის ქვები. Sonic უნდა იპოვონ ისინი ჯერ. სანამ ეკრანზე იქნება ხილული თქვენი პერსონაჟი და მისი კომპანიონი. საკონტროლო ღილაკების გამოყენებით, თქვენ გააკონტროლებთ ორივე გმირის მოქმედებას ერთდროულად. თქვენ უნდა აიძულოთ ისინი იმოძრაონ ადგილზე და ყურადღებით შეამოწმოთ ყველაფერი. მოძებნეთ ყველგან მიმოფანტული ქვები და საგნები და შეაგროვეთ ისინი. გზად წააწყდებით დაბრკოლებებს და ხაფანგებს, რომლებზეც თქვენს გმირებს მოუწევთ გადახტომა. თუ ისინი შეხვდებიან ურჩხულებს, მაშინ პერსონაჟები შეძლებენ მათ გვერდის ავლით ან გაანადგურონ ბრძოლაში შეერთებით. მოწინააღმდეგეების მოკვლისთვის, თქვენ მოგეცემათ ქულები Sonic Advance 3-ში.