Ben 10: Brains vs Bugs-ში მოგიწევთ დაეხმაროთ სასაცილო მწვანე უცხოპლანეტელს, გაათავისუფლოს მისი გატაცებული მეგობრები. თქვენს თვალწინ, ეკრანზე გამოჩნდება თქვენი პერსონაჟი, რომელიც განთავსდება გარკვეულ ადგილას. საკონტროლო ღილაკების გამოყენებით თქვენ ხელმძღვანელობთ მის ქმედებებს. თქვენს გმირს მოუწევს გარკვეული მარშრუტის გავლა, სხვადასხვა ხაფანგების და სხვა საფრთხეების გადალახვა. გზად ის შეაგროვებს ოქროს მონეტებს და სხვა სასარგებლო ნივთებს, რომლებიც მოგიტანთ ქულებს თამაშში Ben 10: Brains vs Bugs და შეუძლია პერსონაჟს სხვადასხვა სახის ბონუსები მისცეს. ასევე, თქვენს გმირს მოუწევს ბრძოლა შეცდომებთან, რომლებიც მის გზაზე წავა.
