Sonic-ს აქვს შესაძლებლობა გაუმკლავდეს თავის ძველ მტერს Knuckles. ცისფერმა ზღარბმა მიიღო მოულოდნელი ინფორმაცია მოწინააღმდეგის ადგილმდებარეობის შესახებ და აპირებს იქ წასვლას. მეგობართან და თანაშემწე ტეილსთან ერთად გმირები კუნძულზე თვითმფრინავით გაემგზავრებიან. დაშვების შემდეგ ისინი შეხვდებიან ნაკლსს, მაგრამ ის სწრაფად გაქრება. თქვენ უნდა დაეხმაროთ სონიკს და მის მეგობარს ბოროტმოქმედის დევნაში. მან ბევრი ხაფანგი მოათავსა კუნძულზე ისე, რომ ვერავინ დაეწია მას, მაგრამ Sonic ვერ შეჩერდება და თქვენ მკაცრად აკონტროლებთ გმირის მოძრაობას, თავიდან აიცილებთ მას მკვეთრ წვეტებში. შეაგროვეთ ბეჭდები, ისინი ყოველთვის გამოადგებათ გმირს Sonic 3 & Knuckles-ში.
